Afyon Kocatepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü 11.07.1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 3837 sayılı Kanunun 18. Ek Maddenin c) fıkrası gereğince kurulmuştur.
Enstitümüzde,
* Fen Bilimleri alanında; Fizik, İstatistik, Kimya, Matematik, Matematik ve Fen Bilgisi Eğitimi ve Moleküler Biyoloji ve Genetik,
* Mühendislik Bilimleri alanında; Biyomedikal Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Gıda Mühendisliği, Harita Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği, Kimya Mühendisliği, Maden Mühendisliği, Makine Mühendisliği, ,Malzeme Bilimi ve Mühendisliği, Metalurji ve Malzeme Mühendisliği, Otomotiv Mühendisliği, Yenilenebilir Enerji Sistemleri, Mekatronik Mühendisliği,
* Teknik Eğitim alanında; Elektrik Eğitimi, Makine Eğitimi, Metal Eğitimi ve Yapı Eğitimi, (Yök Birim ID’sinde aktif olmakla birlikte öğrencisi bulunmamaktadır.)
* Disiplinler Arası alanında; Bilgisayar, İş Güvenliği (Tezsiz 2. Öğretim), İnternet ve Bilişim Teknolojileri Yönetimi (Uzaktan Eğitim), Nanobilim ve Nanoteknoloji,
* Doktora eğitimi; Biyomedikal Mühendisliği, Fizik, Gıda Mühendisliği, Harita Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Kimya, Maden Mühendisliği, Makine Mühendisliği, Malzeme Bilimi ve Mühendisliği, Matematik, Metal Eğitimi, Metalurji ve Malzeme Mühendisliği, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Otomotiv Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği ve Jeoloji Mühendisliği Anabilim dallarında Lisansüstü eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.