Afyon Kocatepe Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü 11.07.1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 3837 sayılı Kanunun 18. Ek Maddenin c) fıkrası gereğince Üniversitemizin kuruluş yasası ile birlikte kurulmuştur. Kuruluşundan bu güne sırasıyla;
Prof. Dr. Ö. Faruk EMRULLAHOĞLU (1993-1997), Yrd. Doç. Dr. Ahmet SERTESER (1997-1999), Prof. Dr. H. Rıza AŞIKOĞLU (1999), Prof. Dr. Mustafa ERGÜN (1999), Prof. Dr. Hidayet YAVUZ (1999-2001), Prof. Dr. Recep ASLAN (2001-2005), Prof. Dr. Fatih NURAY (2005), Prof. Dr. Süleyman TAŞGETİREN (2005-2007), Doç. Dr. Emine SOYTÜRK (2007), Doç. Dr. Zehra BOZKURT (2007-2009), Doç. Dr. Rıdvan ÜNAL (2009-2011), Prof. Dr. Mevlüt DOĞAN (2011-2014), Prof. Dr. Yılmaz YALÇIN (2014), Prof. Dr. İbrahim EROL (2014-2015), Prof. Dr. Hüseyin ENGİNAR (2015-2017), Prof. Dr. İbrahim EROL (2017-2023), tarihlerinde görev yapmışlardır. Halen Müdürlük görevini Prof. Dr. Bekir YALÇIN (2023-) yürütmektedir.
Enstitümüzde,
* Eğitim Bilimleri alanında: Orta Öğretim Fen ve Matematik Alanları Eğitimi, Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi,
* Fen Bilimleri alanında; Fizik, İstatistik, Kimya, Matematik ve Moleküler Biyoloji ve Genetik,
* Mühendislik Bilimleri alanında; Biyomedikal Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Elektrik Mühendisliği Anabilim Dalı Yenilenebilir Enerji Sistemleri, Gıda Mühendisliği, Harita Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği, Kimya Mühendisliği, Maden Mühendisliği, Makine Mühendisliği, Malzeme Bilimi ve Mühendisliği, Metalurji ve Malzeme Mühendisliği, Otomotiv Mühendisliği, Mekatronik Mühendisliği
* Teknik Eğitim alanında; Elektrik Eğitimi, Makine Eğitimi, Metal Eğitimi ve Yapı Eğitimi,
* Disiplinler Arası alanında; Bilgisayar, İş Güvenliği (Tezsiz 2. Öğretim), İnternet ve Bilişim Teknolojileri Yönetimi (Uzaktan Eğitim), Nanobilim ve Nanoteknoloji dallarında yüksek lisans eğitimi yürütülmektedir.
* Doktora eğitimi; Elektrik Mühendisliği (Ortak), Fizik, Gıda Mühendisliği, Harita Mühendisliği, İnşaat Mühendisliği, Kimya, Maden Mühendisliği, Makine Mühendisliği, Malzeme Bilimi ve Mühendisliği, Matematik, Metal Eğitimi, Metalurji ve Malzeme Mühendisliği, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Jeoloji Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği ve Otomotiv Mühendisliği dallarında yapılmaktadır.